Jean-Baptiste Ménigoz crée Les Bottes Rouges en 2011 à Abergement-le-Petit (situé à proximité d'Arbois), alors qu'il est encore enseignant à mi-temps. A l'époque, le domaine compte 2,5 hectares, contre 7 aujourd'hui. Le nom du domaine ? Il fait référence aux Wampas, le titre éponyme étant l'un des morceaux qui fait partie du répertoire classique du groupe de rock. Jean-Baptiste n'en est pas à ses débuts, puisqu'il cultivait déjà 60 ares de vignes dès 2000 pour apprendre à travailler le sol et qu'il a fait ses classes au domaine André et Mireille Tissot.
La culture au domaine est certifiée biologique. Les vignes ont entre 3 et 60 ans. Les cépages classiques du Jura sont présents : chardonnay et savagnin pour le blanc, trousseau, poulsard et pinot noir pour le rouge. Un travail minutieux est effectué dans les vignes. Pour la vinification, le vigneron intervient peu afin d'obtenir des cuvées qui retracent bien la complexité du terroir jurassien. Des vins bios et natures, fruités, purs et subtils. Un domaine avec le vent en poupe.